脑膜炎双球菌感染是否发病取决于人体防御功能和细菌毒力的强弱。多数情况下，细菌都会被杀灭，或存在于鼻咽部，不至于发病。仅有极少数会发展成败血症，病原菌可通过血-脑屏障进入脑脊髓膜，形成化脓性脑脊髓膜炎。典型的普通型流行性脑脊髓膜炎在败血症期时，约70%～90%的病人有皮肤黏膜淤点或淤斑，血培养可阳性，淤点涂片可找到病原菌。在脑膜炎期，脑膜炎双球菌可通过血-脑屏障进入脑脊髓膜，形成化脓性脑脊髓膜炎。此时脑脊液可呈化脓性改变，涂片可见革兰染色阴性双球菌，脑脊液培养可阳性。
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