| 系统 | 病变部位 | 备注 |
| 中枢神经系统与头颈部 | 脑实质、脑膜、脊髓、骨髓 | 首选MRI |
| 海绵状血管瘤 | MRI优于DSA | |
| 胸部 | 肺实质 | 因气体干扰，少用MRI |
| 心脏大血管 | 评价心脏运动功能、判断心肌灌注等方面具有优势，但太贵，难以普及 | |
| 腹部 | 前列腺癌 | 首选MRI |
| 胰胆管病变 | MRCP | |
| 肌骨系统 | 骨挫伤、骨髓水肿 | 优于CT |
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