药物化学所研究的药物是既具有药物的功效，同时又有确切化学组成的药物，即化学药物。化学药物可以是无机的矿物质或合成的有机化合物，或从天然药物中提取得到的有效单体，以及通过发酵方法得到的抗生素等等。即：通过化学合成或生物合成的方法得到确切组成的化合物，属于合成药物；直接使用天然的植物或动物脏器、分泌物等等，属于非合成药物（包括中药或天然药物、生物药物）；在非合成药物基础上，再次进行化学合成或生物合成的方法得到的化合物，属于半合成药物。
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